Brunflo kyrka har en historiskt sammansatt orgel huvudsakligen med stämmor från Johannes Mentzel 1986, samt få stämmor från tidigare orglar byggda av Christian Schuster (tillsammans med C.O.C Lindgren) 1885 (Borduna 16), och H Lindgren 1941 (Principal 8).
 
Den har en välbevarad tidig sengustaviansk empirefasad från första orgeln byggd av Eric Nordquist i Nora 1807 som påminner en del om fasaden påorgeln i Ovikens gamla kyrka ritad av Adelcrantz 1794).
 
Utformningen påminner om en tredelad arkadfasad med förhöjt mittparti där öppningen är igenbyggd och arkadmotivet istället antytt med ett rundbågigt dekorelement.

1807 stod kyrkans första orgel färdig byggd av Eric Nordquist, Nora. Orgelfasaden är bevarad och i stort oförändrad från denna orgel. (Disposition av L. F. Hammardahl, Arbrå.)

• 1885 skedde en om- och tillbyggnad av C. O. C. Lindgren och C. Schuster.
• 1941 Nybyggnad, H. Lindegren, Göteborg
• 1986 Nybyggnad, Johannes Menzel, Härnösand

Orgeln har två manualer och självständig pedal. Den har 26 stämmor och är mekanisk. När den nya orgeln skulle byggas av Johannes Menzel fick vaktmästarens son delar av det gamla spelbordet, registerandragen, som han använde i sitt lådbildsbygge.
 
Huvudverk:
Borduna 16’
Principal 8’
Rörflöjt 8’
Oktava 4 ’
sesquialtera 2 chor
Mixtur 4 chor
Trumpet 8’

Svällverk:
Hålflöjt 8’
Liebl.Gedakt 8’
Fugara 8’
Voix céleste 8’
Principal 4’
Spetsgedakt 4’
Waldflöjt 2’
Nasat 1 1/3
Scharff 3 chor
Oboe 8’

Pedal:
Subbas 16’
Principal 8’
Gedakt 8’
Koralbas 4’
Hålflöjt 2’
Trumpet 16’
Skalmeja 4 ’
Tremulant

Informationen om orglen kommer från Härnösands stifts orgelinventering